Строительство храма стало возможным благодаря финансовой поддержке
ктитора Сычева Германа Андреевича, воздвигшего его на собственные средства. Здание храма, выполненное в стиле старинных новгородских деревянных церквей, имеет два яруса. Нижний предел посвящен преподобному Нилу Столобенскому, верхний — преподобному Герману Столобенскому.
Преподобный Нил, будучи настоящим анахоретом, не оставил после себя учеников. Его жизнь была примером ухода от мирской суеты, стремлением к уединению и духовным исканиям. Спустя столетие после его кончины, память об этом подвижнике могла бы затеряться во времени. Однако, монах Николо-Рожокского монастыря, Герман, уроженец тех мест и хранитель воспоминаний о таинственном отшельнике, через 50 лет после смерти преподобного Нила посетил Столобный остров.
Там он обнаружил мощи святого, собрал от немногочисленных местных жителей сведения о его жизни и благочестии, а затем заказал иконописцам написать его лик. В дальнейшем Герман получил благословение на основание на Столобном острове киновии, то есть общежительного монастыря, и стал его первым настоятелем и вдохновителем строительства.